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LCNS変異マウス系統.

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2008年11月18日、10のLCNS配列上に発見した35変異系統を公開しました。(参考文献. Sakuraba et al. Mammalian Genome, 2008.)

 
遺伝子座
アリル名
変異情報 *1
変異箇所±10bp配列
マウス /UCSC
(ヒト/UCSC)
LCNS112
Rgsc1483
A422T
ACATTTAAATAGAAGCACTGG
112/mm9
(112/hg18)
LCNS112
Rgsc1082
T275C
TCAGAATGCGTAAACTTGCAA
112/mm9
(112/hg18)
LCNS112
Rgsc1482
A340G
ATGGGTTGATAAGTTAATTTA
112/mm9
(112/hg18)
LCNS112
Rgsc1549
A377T
TTAATGAGCTATAGTTAAATT
112/mm9
(112/hg18)
LCNS124
Rgsc1481
T178C
TGCAAACATATGCGCTAAGCT
124/mm9
(124/hg18)
LCNS152
Rgsc1830
T142C
TGCTCATTACTCTTGAGCTAA
152/mm9
(152/hg18)
LCNS152
Rgsc1827
T357A
TGTTAGAATTTGAAATGTAGG
152/mm9
(152/hg18)
LCNS152
Rgsc1831
T198G
GGGCCACAGATGAGCTCAGTG
152/mm9
(152/hg18)
LCNS161
Rgsc1725
A366G
AATGTGACAGACTGAGAGAAG
161/mm9
(161/hg18)
LCNS161
Rgsc1727
T224C
AGGGCAAAACTGAGAAATGTG
161/mm9
(161/hg18)
LCNS161
Rgsc1724
A401G
ACCAACCCCAAGTTTATTTAG
161/mm9
(161/hg18)
LCNS161
Rgsc1731
A180T
TCAATGAAAGATCATCAGCCA
161/mm9
(161/hg18)
LCNS161
Rgsc2035
T193C
ATCAGCCACATTATCAGTGTT
161/mm9
(161/hg18)
LCNS161
Rgsc2036
A300T
CCTGCTGTGAACAATCTGTAA
161/mm9
(161/hg18)
LCNS242
Rgsc1509
T324A
AAAACTAATATGTCACTGTCA
242/mm9
(242/hg18)
LCNS276
Rgsc1240
A342G
GCAATGAATGACAGTGGAAAT
276/mm9
(276/hg18)
LCNS276
Rgsc2033
A148T
CTACAAATCCAATTACAGATT
276/mm9
(276/hg18)
LCNS276
Rgsc2038
A530T
TTGGAGACTCAGAGGCAGGTG
276/mm9
(276/hg18)
LCNS276
Rgsc2031
T545A
CAGGTGATAATGAAACTGATA
276/mm9
(276/hg18)
LCNS348
Rgsc1484
T198G
GTCAACAGACTGTAAAGAATA
348/mm4 *2
(348/hg18)
LCNS348
Rgsc1550
T421A
ATTTAAGTGCTGTGCAAATTA
348/mm4 *2
(348/hg18)
LCNS348
Rgsc1548
C164A
ATCCTTTCCACCATTCCCTTA
348/mm4 *2
(348/hg18)
LCNS354
Rgsc1505
A133T
TGGGTTTCGCAGAGATTTCCC
354mm9
(354/hg18)
LCNS354
Rgsc1507
A437T
GCTGAGAACAAAGTAAATTTA
354mm9
(354/hg18)
LCNS354
Rgsc1508
A505G
TCCCATAAAAAAGCAAAGGAC
354mm9
(354/hg18)
LCNS354
Rgsc1608
T389A
CAACTACGCATAATGTACCGA
354mm9
(354/hg18)
LCNS354
Rgsc1021
A261C
AATAAGATTCAGCTTGACTTC
354mm9
(354/hg18)
LCNS354
Rgsc1728
T346A
CAGTGAACTTTAATGGGATTT
354mm9
(354/hg18)
LCNS354
Rgsc1485
G316A
ATTGTAACCTGTTTTTAAAGC
354mm9
(354/hg18)
LCNS354
Rgsc1828
C362T
GATTTGACAACATCATATTAA
354mm9
(354/hg18)
LCNS403
Rgsc1832
T334C
CTCCTCTCAGTAGCTGACTTT
403/mm9
(403/hg18)
LCNS418
Rgsc1726
A475T
TTATTCCTCCATCAAATATGC
418/mm9
(418/hg18)
LCNS418
Rgsc1729
A238T
TGATGTCCCTATTTGTTAGAG
418/mm9
(418/hg18)
LCNS418
Rgsc2034
A508G
AAGTTAAATTACTTCTGACTG
418/mm9
(418/hg18)
LCNS418

Rgsc2032

T163G
GCTACAACACTGAAGTTACAA
418/mm9
(418/hg18)

*1 変異情報は「マウス/UCSC」欄に示したマウスゲノム配列上の位置における塩基置換情報です。

*2 LCNS348は、参考文献のSupplementary Table 1にはありません。これは、マウスゲノムデータベースmm9版にはこの配列が含まれていないからですが、mm4版やヒトゲノムデータベースhg18版には含まれていて、かつ、LCNSの定義を満たしています。 また、G1マウスゲノムDNAアーカイブから変異スクリーンした際は実際にLCNS348配列をPCR増幅し変異を発見していますのでC57BL/6Jゲノムに存在する配列です(348/mm4)。また、ヒトや他の脊椎動物ゲノム( 348/hg18,参照)にも高度に保存されています。

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