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LCNS変異マウス系統.
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2008年11月18日、10のLCNS配列上に発見した35変異系統を公開しました。(参考文献. Sakuraba et al. Mammalian Genome, 2008.)
遺伝子座 |
アリル名 |
変異情報 *1
|
変異箇所±10bp配列 |
マウス /UCSC |
(ヒト/UCSC) |
|
LCNS112 |
Rgsc1483 |
A422T |
ACATTTAAATAGAAGCACTGG |
|||
LCNS112 |
Rgsc1082 |
T275C |
TCAGAATGCGTAAACTTGCAA |
|||
LCNS112 |
Rgsc1482 |
A340G |
ATGGGTTGATAAGTTAATTTA |
|||
LCNS112 |
Rgsc1549 |
A377T |
TTAATGAGCTATAGTTAAATT |
|||
LCNS124 |
Rgsc1481 |
T178C |
TGCAAACATATGCGCTAAGCT |
|||
LCNS152 |
Rgsc1830 |
T142C |
TGCTCATTACTCTTGAGCTAA |
|||
LCNS152 |
Rgsc1827 |
T357A |
TGTTAGAATTTGAAATGTAGG |
|||
LCNS152 |
Rgsc1831 |
T198G |
GGGCCACAGATGAGCTCAGTG |
|||
LCNS161 |
Rgsc1725 |
A366G |
AATGTGACAGACTGAGAGAAG |
|||
LCNS161 |
Rgsc1727 |
T224C |
AGGGCAAAACTGAGAAATGTG |
|||
LCNS161 |
Rgsc1724 |
A401G |
ACCAACCCCAAGTTTATTTAG |
|||
LCNS161 |
Rgsc1731 |
A180T |
TCAATGAAAGATCATCAGCCA |
|||
LCNS161 |
Rgsc2035 |
T193C |
ATCAGCCACATTATCAGTGTT |
|||
LCNS161 |
Rgsc2036 |
A300T |
CCTGCTGTGAACAATCTGTAA |
|||
LCNS242 |
Rgsc1509 |
T324A |
AAAACTAATATGTCACTGTCA |
|||
LCNS276 |
Rgsc1240 |
A342G |
GCAATGAATGACAGTGGAAAT |
|||
LCNS276 |
Rgsc2033 |
A148T |
CTACAAATCCAATTACAGATT |
|||
LCNS276 |
Rgsc2038 |
A530T |
TTGGAGACTCAGAGGCAGGTG |
|||
LCNS276 |
Rgsc2031 |
T545A |
CAGGTGATAATGAAACTGATA |
|||
LCNS348 |
Rgsc1484 |
T198G |
GTCAACAGACTGTAAAGAATA |
348/mm4 *2 |
||
LCNS348 |
Rgsc1550 |
T421A |
ATTTAAGTGCTGTGCAAATTA |
348/mm4 *2 |
||
LCNS348 |
Rgsc1548 |
C164A |
ATCCTTTCCACCATTCCCTTA |
348/mm4 *2 |
||
LCNS354 |
Rgsc1505 |
A133T |
TGGGTTTCGCAGAGATTTCCC |
|||
LCNS354 |
Rgsc1507 |
A437T |
GCTGAGAACAAAGTAAATTTA |
|||
LCNS354 |
Rgsc1508 |
A505G |
TCCCATAAAAAAGCAAAGGAC |
|||
LCNS354 |
Rgsc1608 |
T389A |
CAACTACGCATAATGTACCGA |
|||
LCNS354 |
Rgsc1021 |
A261C |
AATAAGATTCAGCTTGACTTC |
|||
LCNS354 |
Rgsc1728 |
T346A |
CAGTGAACTTTAATGGGATTT |
|||
LCNS354 |
Rgsc1485 |
G316A |
ATTGTAACCTGTTTTTAAAGC |
|||
LCNS354 |
Rgsc1828 |
C362T |
GATTTGACAACATCATATTAA |
|||
LCNS403 |
Rgsc1832 |
T334C |
CTCCTCTCAGTAGCTGACTTT |
|||
LCNS418 |
Rgsc1726 |
A475T |
TTATTCCTCCATCAAATATGC |
|||
LCNS418 |
Rgsc1729 |
A238T |
TGATGTCCCTATTTGTTAGAG |
|||
LCNS418 |
Rgsc2034 |
A508G |
AAGTTAAATTACTTCTGACTG |
|||
LCNS418 |
Rgsc2032 |
T163G |
GCTACAACACTGAAGTTACAA |
*1 変異情報は「マウス/UCSC」欄に示したマウスゲノム配列上の位置における塩基置換情報です。
*2 LCNS348は、参考文献のSupplementary Table 1にはありません。これは、マウスゲノムデータベースmm9版にはこの配列が含まれていないからですが、mm4版やヒトゲノムデータベースhg18版には含まれていて、かつ、LCNSの定義を満たしています。 また、G1マウスゲノムDNAアーカイブから変異スクリーンした際は実際にLCNS348配列をPCR増幅し変異を発見していますのでC57BL/6Jゲノムに存在する配列です(348/mm4)。また、ヒトや他の脊椎動物ゲノム( 348/hg18,参照)にも高度に保存されています。
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