SDOP-DB：マウス表現型解析プロトコールの国際共有データベース

マウス表現型解析プロトコールのリスト

すべて開く / すべて閉じる / 再読込

以下のリストから一項目を選択して下さい

このメニューは dhtmlxTree を用いて開発されました。

ダウンロード
SDOPデータベースシステムの配布＆利用案内

リンク
日本マウスクリニック (JMC)
ヨーロッパのマウスクリニック (EUMODIC)
JMCのSOPのデータベース (SOP-DB)
EUMODICのSOPのデータベース(EMPReSS)

ホーム
理研BRC マウス表現型知識化研究開発ユニット

問い合わせ

COUNTER from 2009/7/1

新着情報

2011/3/7 : 各表現型解析テストのSDOPデータベースにおいて、フィルタリング機能を追加しました。

2011/2/28 : SDOP形式でのプロトコルの投稿、SDOPデータベースシステムの配布&利用を可能にしました。また、ダウンロード、リンク集のサイトを作成しました。

2010/6/7 : PPMLのファイルのダウンロードが可能になりました [リンク]。

2010/3/1 : SDOP-DBの論文がBioinformatics誌に掲載されました [リンク]。

2009/10/27 : 5種類のマウス表現型解析テスト（尾懸垂試験、ホットプレートテスト、テールフリックテスト、プレパルスインヒビションテスト、経口糖負荷試験-OGTT-）のSDOPを追加しました。

2009/7/1 : 3種類のマウス表現型解析テスト（血算検査、生化学検査、骨密度・体脂肪測定-DEXA-）のSDOPを追加しました。

2009/6/1 : SDOP-DBを開設しました。マウス表現型解析テストでは、5種類の検査項目（オープンフィールドテスト、ロータロッドテスト、可視的検査-SHIRPAテスト-、聴性脳幹反応試験(ABR)、血圧測定）のSDOPを公開しました。また、飼育（環境）及び生殖関連技術のSDOPを「その他」項目の中で公開しています。

概要

マウス表現型解析の結果は解析プロトコールの相違に影響を受けます。マウス表現型情報を国際的に共有・統合するためには、研究所間で異なる標準作業手順書（Standard Operating Procedures; SOPs）を比較検討することが可能な情報基盤を整備することが必要不可欠です。そこで我々は、SOPsの相違を容易に比較検討することが可能な標準記述形式、SDOP（Standardized Description of Operating Procedure）フォーマットを新たに開発しました。今後、各種マウス表現型解析検査を対象としたSDOPを作成し、SDOP-DB としてWeb上に公開していきます。

SDOP-DBはマウス表現型解析プロトコール情報の国際的共有・統合のためのデータベースとして、また、その公開支援のためのデータベースとして機能します。さらに、SDOP-DBは、ラボ独自のプロトコールにしたがって得られたマウス表現型解析検査の結果を評価する際のツールとして利用可能です。

SDOP及びSDOP-DBについて

1) SDOPは、各種マウス表現型解析プロトコール情報を記述するために新たに開発されたフォーマットで（参照）、研究所間のプロトコールの相違点を直接的かつ詳細に比較検討することができます。

2) SDOP-DBは、マウス表現型解析プロトコール情報の国際的共有・統合を目的として開発されたデータベースです。　SDOP-DBにはSDOPフォーマットを用いて作成された、各種マウス表現型解析プロトコールのSDOPが収納されています。

3) 各種マウス表現型解析プロトコールのSDOPには、国際コンソーシアム（InterPhenome) が提唱しているMIMPP（Minimal Information to describe a Mouse Phenotyping Procedure）のほぼすべての情報が含まれます。また、各SDOPは研究機関／研究所の間でマウス表現型解析プロトコールの相互運用可能な枠組みを提供するために開発された国際標準のデータ形式であるPPML（Phenotyping Procedures Markup Language）と互換性を持つように開発されました。

4) 各SDOPでは、登録したプロトコール（SOPs）に基づく表現型解析結果の情報をハイパーリンクで容易に閲覧することができるので、SOPsの相違による結果の相違を、研究機関の間で比較評価することが可能です。