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SDOP-PPML自動変換ツールの概説
SDOP-PPML自動変換ツールは、SDOP形式で記述されたプロトコルデータをPPML形式に自動変換することを目的として開発したVBAプログラムです。 本ツールを用いることで、ラボ独自に作成したプロトコルをPPML形式で公開することが可能となります。 SDOPファイルから現在のバージョンのPPML形式に変換するためには、2種類のSDOPファイル、即ち、「各テストのSDOPファイル」、及び「飼育環境のSDOPファイル」が必須となります。 現在のところ、「8種類のマウス表現型解析テスト」及び「飼育環境」のSDOPの各項目に対して、PPMLの項目と対応付けされており（それぞれ、 「SDOP-PPML対応表ファイル」、「 追加SDOP-PPML対応表ファイル」）、本変換ツールを用いることで、これら8種類のテストのPPMLファイルが、上述した2種類のSDOPファイルから自動的に作成されます。 PPML自動変換ツールは以下の4種類ファイルを読み込み、PPMLデータファイルを自動的に作成します（下図）。本ツールの詳細は操作説明書を参照。

  • SDOPデータファイル（各テストのSDOPファイルのこと）
    SDOP-DBにおける各マウス表現型解析テストのプロトコルデータベースからダウンロードできるMicrosoft Excelファイル（例：オープンフィールテストのSDOPデータファイル）。このExcelファイルではプロトコルのデータがSDOPフォーマットで記載されている。

  • 追加SDOPデータファイル（PPMLの現在のバージョンでは飼育環境のSDOPファイルのこと）
    SDOP-DBにおけるマウス飼育環境の比較データベースからダウンロードできるMicrosoft Excelファイル。このExcelファイルでは飼育環境のデータがSDOPフォーマットで記載されている。PPML形式でプロトコルデータを公開するためには、各テストのSDOPファイルには記載されていない、ここで示したような飼育環境のデータが必須である。

  • SDOP-PPML対応表ファイル
    SDOPデータファイル（各テストのSDOPファイル）の項目についてPPMLフォーマットのどの要素に従い変換するかが1対1の関係で定義されているMicrosoft Excelファイル。現在のところ、8種類のマウス表現型解析テストのSDOPの項目に対して、PPMLの項目と対応付けされており、これら8種類のテストに関する対応表がそれぞれ作成されている。詳細は操作説明書の2.2節を参照。

  • 追加SDOP-PPML対応表ファイル
    追加SDOPデータファイル（飼育環境のSDOPファイル）の項目についてPPMLフォーマットのどの要素に従い変換するかが1対1の関係で定義されているMicrosoft Excelファイル。PPMLの現在のバージョンにおいては、このファイルは、「飼育環境のSDOPの項目」と「PPMLの項目」とが対応付けされたファイルを意味する。詳細は操作説明書の2.2節を参照。
上述した4種類のファイル群はすべて、SDOP-PPML自動変換ツールのダウンロードによって得られます。


PPML自動変換ツールの入出力ファイルについて


図    PPML自動変換ツールの入出力ファイルについて


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